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COVID-19: L'analyse des eaux usées pourrait pallier le manque de tests de dépistage
Au moment où certaines provinces limitent l'accès à des tests de dépistage de la COVID-19 par la méthode PCR, alors même que la demande pour obtenir un diagnostic explose, plusieurs experts déplorent le fait que les bilans quotidiens ne reflètent plus le véritable portrait de la propagation du virus dans les communautés.
Par Melissa Couto Zuber – La Presse canadienne
Mais ce que l'on rejette dans nos eaux usées pourrait bien nous aider à mieux évaluer le taux de prévalence de la maladie, croit-on.
Des chercheurs d'un océan à l'autre ont entrepris de surveiller le contenu des eaux usées depuis le début de la pandémie, observant la présence d'infimes traces du virus afin de suivre sa progression.
Selon les scientifiques impliqués dans cette démarche laborieuse, la méthode n'offre pas une mesure parfaite du niveau de circulation de la COVID-19, mais elle peut aider à identifier les secteurs où la contagion est la plus forte.
Et dans le cas où la capacité de dépistage est dépassée et que les cas ne sont plus rapportés de manière systématique, la surveillance des eaux usées peut s'avérer très utile aux autorités sanitaires, estiment ces chercheurs.
«Actuellement, on a ce problème où l'on a atteint la limite de notre capacité à effectuer des tests de dépistage, observe le chercheur Mark Servos de l'Université de Waterloo. Mais les eaux usées se fichent qu'il y ait des tests cliniques ou que les gens soient asymptomatiques.»
«Tout le monde qui défèque dans le tuyau sera inclus dans nos analyses», résume-t-il.
En limitant l'accès aux tests PCR dans le but d'économiser les ressources, les provinces vont nécessairement créer un déséquilibre entre le nombre de cas signalés et le nombre réel d'infections. Surtout avec la présence du variant Omicron qui se transmet encore plus facilement.
D'après le Dr Christopher Mody, un spécialiste des maladies infectieuses de l'Université de Calgary, les diagnostics par test PCR représenteraient à peine un sixième ou un huitième du nombre réel de cas. Cet écart pourrait continuer de croître avec les gens qui se fient aux tests rapides et ceux qui ne se font tout simplement pas dépister.
«On doit savoir quel est le véritable nombre», insiste-t-il en soulignant que l'analyse des eaux usées pourrait aider à pallier en partie le manque de données.
«Je dirais que les eaux usées représentent un outil extrêmement utile pour évaluer l'ampleur du fardeau de la maladie», soutient le Dr Mody.
En observant les tendances hebdomadaires de la présence du virus dans les eaux usées, on pourrait non seulement mesurer l'ampleur de la transmission, mais aussi identifier le type de variant qui domine.
Des données récoltées à Saskatoon ont montré une hausse de 87,7 % de la charge virale dans les eaux usées de la ville la semaine dernière, dont une explosion de 808,2 % de la quantité de traces du variant Omicron.
La démarche de la surveillance des eaux usées consiste à récolter des échantillons dans les bassins des usines de traitement des eaux, puis d'isoler et mesurer les traces de particules de la COVID-19.
Mark Servos qualifie la procédure de «complexe» et «fastidieuse», mais des résultats peuvent être obtenus en quelques heures.
Des échantillons sont recueillis quotidiennement dans certaines villes, dont à Ottawa, qui a lancé son programme dès avril 2020. Ailleurs, on préfère prélever des échantillons quelques fois par semaine.
«On voit la concentration augmenter dans nos eaux usées», confirme Robert Delatolla, un ingénieur civil de l'Université d'Ottawa qui suit l'évolution des données.
Pas d'argent au Québec
Si la méthode semble intéresser plusieurs provinces qui veulent rehausser la surveillance de la présence du virus dans les eaux usées, le Québec prend la direction inverse.
Professeure à Polytechnique Montréal, Sarah Dorner révèle qu'un projet pilote de six mois, financé par le Fonds de recherche du Québec, la Fondation Molson et la Fondation familiale Trottier, a pris fin au début du mois de décembre.
«On n'avait plus de financement pour poursuivre», écrit-elle dans un courriel en ajoutant que son équipe avait observé «une augmentation rapide du SRAS-CoV-2» dans les eaux usées de Montréal tout juste avant que le projet ne soit stoppé.
Cette pratique de surveiller les eaux usées n'est pas née avec la COVID-19. Elle avait déjà servi à travers le monde dans le passé pour surveiller la présence de la polio.
Des limites
Bien que les chercheurs impliqués y voient un outil supplémentaire pertinent, l'analyse des eaux usées ne permet de voir que ce qui se passe dans une communauté spécifique et restreinte.
De plus, les concentrations de virus dans les rejets ne permettent pas de déterminer la sévérité des cas.
Des facteurs environnementaux, comme la neige qui fond et vient diluer l'eau des bassins, peuvent aussi altérer les résultats des analyses. De plus, les chercheurs disposent d'une capacité limitée à effectuer des tests sur une base régulière.
Malgré tout, le Dr Christopher Mody croit que ce type de surveillance peut signaler aux autorités de santé publique qu'une éclosion est imminente lorsque les concentrations augmentent rapidement dans un lieu précis.